安徽水文工程勘察研究院是2000年经安徽省地矿局批准，由安徽省地矿局所属安徽工程勘察院蚌埠分院、蚌埠岩土工程勘察院、蚌埠工程勘察处三家单位合并改组而成的，直属于安徽省地勘局第一水文工程地质勘查院的机构。2004年12月，经国家建设部审批获岩土勘察（勘察、咨询、监理）专业甲级及劳务类资质（证书号：113816-kj）；2008年9月，通过ISO9001：2000标准质量管理体系论证（注册号：01708Q11341R0M-2）。2010年6月，安徽水文工程勘察研究院下属实验检测中心通过国家计量论证（证书编号：2010120805G）。可从事岩土工程勘察、测试、监测、检测，岩土工程治理、水文地质勘察、物探及工程测量等多方面业务。

安徽水文工程勘察研究院现有职工251人，其中专业技术及管理人员157人，技术工人94人，各类技术人员占职工总数的63%。经过多年勘察实践企业培养与锻炼了一批经验丰富、技术精湛的专业技术骨干，其中国家注册岩土工程师（土木）5人，高级工程师以上职称的26人，工程师85人。

院下设部门有水勘院本部、办公室、经营部、质量管理部、财务部、企业管理部；生产作业层设工程勘察一处、二处、三处、四处、物探研究所、测绘分院、南京分院、海南分院、实验检测中心等。

安徽水文工程勘察研究院质量管理方针为：立足地矿、勘查开发争先行；心系顾客、科学发展创佳绩。制定了院质量责任制和质量管理若干规定，层层落实质量责任制。